Copy Number Variation und Methylierung vor und nach Bestrahlung

Es ist bekannt, dass genetische Faktoren zur Tumorentwicklung prädisponieren können. Eine Neoplasie (Tumorbildung) kann nicht nur durch klassische Mutationen (Veränderungen der DNA-Sequenz, Deletionen, etc.), sondern auch durch epigenetische Mechanismen (gestörte Methylierung) eingeleitet werden.

Ziel dieses Arbeitspakets ist die genomweite Analyse der Fibroblastenzelllinien, die von ehemaligen Patienten mit kindlichen Tumorerkrankungen etabliert wurden. In einer Fallkontrollstudie werden Patienten, die nach Therapie ein weiteres Mal an Krebs erkrankt sind, mit Patienten, die kein Sekundärmalignom erlitten haben, verglichen werden. Primärer Endpunkt dieser Untersuchungen sind tumorrelevante Veränderungen der Kopienzahl in dem Genom der Patienten. Dies soll mittels eines genomweiten SNP-Array Cyto HD Affymetrix untersucht werden. 

Ein weiteres Ziel des AP4s ist die Untersuchung des Einflusses der Bestrahlung auf die Methylierung der DNA.

Hierfür werden die Methylierungen der Promoter und andere regulatorische Sequenzen genomweit analysiert. Diese Analyse wird an bestrahlten und unbestrahlten Zellkulturen durchgeführt.

Ein besonderes Augenmerk wird auf ausgewählte DNA Reparaturgene, wie zum Beispiel RAD9A und Interaktionsproteine, gelegt, die eine Schlüsselrolle in der Prozessierung von Strahlenschäden spielen. Bei auffälligen Zellkulturen sollen mit Pyrosequenzierung die Methylierung der Promoter und regulatorische Sequenzen genauer untersucht werden. Im Rahmen der Fallkontrollstudie werden diese Ergebnisse mit den Merkmalen in Beziehung gesetzt, die die anderen Arbeitsgruppen an denselben Zellproben untersucht haben.

Ansprechpartner: Dr. Danuta Galetzka
Klinik und Poliklinik für Radioonkologie und Strahlentherapie,
Universitätsmedizin der Johannes Gutenberg-Universität Mainz