Visual Universitätsmedizin Mainz

Dr. rer. physiol. Federico Marini

Wissenschaftlicher Mitarbeiter | Genomische Statistik und Bioinformatik
Mail:  marinif@uni-mainz.de
Tel.: +49 (0)6131 17-8108
Standort: IMBEI Obere Zahlbacher Str. 69
2. OG, Raum 205

Forschungsinteressen

  • Transkriptomsanalyse
  • Visualisierung von Daten
  • Interaktive und reproduzierbare Forschung

Projekte/Tätigkeiten

  • TRP X35
  • Virchow Fellowship
  • Bioinformatics Workshops
  • Organizer of the Summer School in Bioinformatics

Kurzer Lebenslauf

Universitäre Ausbildung und Abschlüsse

  • 2013-2017 - Dr. rer. physiol. (Biometrie/Bioinformatik, IMBEI - Universitätsmedizin Mainz
  • 2005-2008 - M.Sc., Bioingenieurwesen, Politecnico di Milano, Mailand - Italien
  • 2002-2005 - B.Sc., Bioingenieurwesen, Politecnico di Milano, Mailand - Italien

Karriere

  • Seit 2020 - Stv. Leitung, Abt. Genomische Statistik und Bioinformatik, IMBEI, Universitätsmedizin Mainz
  • Seit 2018 - Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Virchow Fellow), IMBEI & CTH, Universitätsmedizin Mainz
  • Seit 2017 - Stv. Leitung, Abt. Biometrie und Bioinformatik, IMBEI; Gemeinsamer Leiter, Core Facility Bioinformatik BIUM(MZ), Universitätsmedizin, Mainz
  • 2013-2017 - Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Doktorand), IMBEI, Universitätsmedizin Mainz
  • 2012-2013 - Wissenschaftlicher Mitarbeiter, Computational Biology, IMB Mainz
  • 2009-2011 - Wissenschaftlicher Mitarbeiter, Bioingenieur und Bioinformatiker, IRCCS Eugenio Medea, Bosisio Parini (LC), Italien

Andere fachliche Tätigkeiten/Interessen

  • Mitglied der GMDS
  • Vorsitzender des Programkomitees, eRum 2020
  • Organisationskomitee, EuroBioc2020

Publikationen

ORCID

Google Scholar


Ausgewählte Publikationen:

- Marini F, Scherzinger D, Danckwardt S. TREND-DB-a transcriptome-wide atlas of the dynamic landscape of alternative polyadenylation. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D243-D253. doi: 10.1093/nar/gkaa722. PubMed PMID: 32976578; PubMed Central PMCID: PMC7778938.
- Marini F, Linke J, Binder H. ideal: an R/Bioconductor package for interactive differential expression analysis. BMC Bioinformatics. 2020 Dec 9;21(1):565. doi: 10.1186/s12859-020-03819-5. PubMed PMID: 33297942; PubMed Central PMCID: PMC7724894.
- Amezquita RA, Lun ATL, Becht E, Carey VJ, Carpp LN, Geistlinger L, Marini F, Rue-Albrecht K, Risso D, Soneson C, Waldron L, Pagès H, Smith ML, Huber W, Morgan M, Gottardo R, Hicks SC. Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor. Nat Methods. 2020 Feb;17(2):137-145. doi: 10.1038/s41592-019-0654-x. Epub 2019 Dec 2. Review. PubMed PMID: 31792435; PubMed Central PMCID: PMC7358058.
- Marini F, Binder H. pcaExplorer: an R/Bioconductor package for interacting with RNA-seq principal components. BMC Bioinformatics. 2019 Jun 13;20(1):331. doi: 10.1186/s12859-019-2879-1. PubMed PMID: 31195976; PubMed Central PMCID: PMC6567655.
- Rue-Albrecht K, Marini F, Soneson C, Lun ATL. iSEE: Interactive SummarizedExperiment Explorer. F1000Res. 2018;7:741. doi: 10.12688/f1000research.14966.1. eCollection 2018. PubMed PMID: 30002819; PubMed Central PMCID: PMC6013759.

 

Ressourcen / Software / Andere relevante öffentliche Profile

- https://federicomarini.github.io
- GitHub: https://github.com/federicomarini/
- Publons: https://publons.com/researcher/3691380/federico-marini/