Visual COVID-19 Coronavirus-Sequenzierung Universitätsmedizin Mainz

Coronavirus-Genom-Sequenzierung an der Universitätsmedizin Mainz

Die aktuelle Entwicklung der SARS-CoV-2-Pandemie zeigt eine kontinuierliche Neuentstehung und Ausbreitung von genetischen Varianten des Virus mit z.T. gesteigertem Infektionspotenzial und erhöhter Pathogenität. Es ist daher erforderlich, diese dynamischen Prozesse der Variantenentstehung und -ausbreitung zu überwachen und zu erforschen. Die Sequenzierung und bioinformatische Analyse kompletter viraler Genome ist hierfür das Mittel der Wahl.  

Unser Konsortium aus Einrichtungen der Universitätsmedizin Mainz, der Johannes Gutenberg Universität sowie der Firma StarSEQ bietet die technologische Plattform für die SARS-CoV-2-Sequenzanalyse nach den Richtlinien des Robert-Koch Instituts. Die von uns erstellten Genomsequenzen gehen in die nationale Überwachungsinitiative gemäß der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) ein.

  • Zur Identifizierung von Infektionsausbrüchen
  • Zum Monitoring der Dynamik der Virusübertragung
  • Zum Nachweis und zur sicheren Bestätigung der zirkulierenden Varianten
  • Zum Aufspüren und zur Erforschung möglicher neuer Varianten, z.B. bei ungewöhnlichen Krankheitsverläufen, bei Langzeit-hospitalisierten Personen, bei immunsupprimierten Patienten, bei Reiserückkehrern
  • Zur Einschätzung des Einflusses viraler Mutationen im Rahmen der Entwicklung von Diagnostikmethoden, Medikamenten oder Impfstoffen

Laboratorien und Einrichtungen nach § 23 Abs. 3 Satz 1 des Infektionsschutzgesetzes, die Untersuchungsmaterial und Isolate von Krankheitserregern in Bezug auf das Coronavirus SARS-CoV-2 untersuchen.

Vor Probeneinsendung bitten wir um Kontaktaufnahme. Weitere Details finden Sie im Einsendeschein.

Typischerweise erhalten Sie Ergebnisse nach etwa einer Woche. Die Proben müssen bis Dienstag vorliegen, um in der laufenden Woche noch prozessiert zu werden.

Wir verwenden je nach Fragestellung, Probenmenge und erforderlicher Analysezeit unterschiedliche Next-Generation-Sequencing (NGS)-Plattformen (Illumina NextSEQ 500/2000, Illumina MiSEQ, ONT MinION).

Die Sequenzauswertung erfolgt auf Basis der vom RKI empfohlenen Pipeline (CoVpipe/ poreCov) für eine Referenzsequenz-basierte Rekonstruktion des SARS-CoV-2 Genoms aus NGS-Daten.

Sie erhalten einen Kurzbericht mit der Benennung der Virus-Linie nach der Pangolin-Nomenklatur. Weitere Information hierzu: https://cov-lineages.org/pango_lineages. Zusätzlich können Sie die Konsensus-Sequenz des Genoms im FASTA-Format sowie einen eine Auflistung der identifizierten Sequenzaustausche (DNA- und Proteinebene) erhalten.

  • NGS raw data,
  • mapping files,
  • phylogenetische Baum-Rekonstruktionen,
  • Visualisierung von Aminosäure-Austauschen im Spike-Protein

Die Analyse von Proben, die unter Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) fallen, ist kostenlos für den Einsender. Bei speziellen Fragestellungen oder Sonderkonstellationen bitten wir um vorherige Rücksprache, um die Kostenübernahme zu klären.

Allgemeine Informationen zum Coronavirus SARS-CoV-2 – z. B. die Risikobewertung, Fallzahlen oder Infektionsschutzmaßnahmen – finden Sie auf den Internetseiten des Robert Koch-Instituts: www.rki.de.

Außerdem finden Sie hilfreiche Informationen auf der Internetseite der Bundeszentrale für gesundheitliche Aufklärung: www.infektionsschutz.de.

Informationen zum Geschehen in Rheinland-Pfalz finden Sie auf der Internetseite des Ministeriums für Soziales, Arbeit, Gesundheit und Demografie des Landes Rheinland-Pfalz: https://msagd.rlp.de.

Pressemitteilung: Universitätsmedizin Mainz setzt auf Next Generation Sequencing

Weitere Informationen

Informationen der Universitätsmedizin Mainz zum Coronavirus SARS-CoV-2