Während der Hygieneplan die Regeln der Hygiene in innerbetrieblichen Verfahrensanweisungen festlegt, dienen die Hygienebegehungen dazu, die Umsetzung zu überprüfen und zu verbessern. Damit sind die Hygienevisiten ein Mittel der internen Qualitätsverbesserung. Die regulären Hygienevisiten werden vornehmlich durch die hierfür speziell geschulten Hygienefachkräfte durchgeführt. In den Begehungen wird der Soll-Zustand bezüglich der Hygiene mit dem erreichten Ist-Zustand verglichen. Dadurch ergeben sich die umzusetzenden Verbesserungen. Durch die Bewertung der vor Ort beobachteten Abläufe können praxisnahe Umsetzungen erarbeitet werden.
Die Erkenntnisse durch die Gesamtheit der Hygienevisiten gestatten zusätzlich, generelle Schwachpunkte bei der Umsetzung der Hygienevorgaben zu erkennen und gezielt zu eliminieren. Die Hygienebegehungen sind ein zentraler Bestandteil jeder Krankenhaushygiene. In der Universitätsmedizin werden regelmäßige Hygienevisiten auf Ebene der Stationen und Funktionsbereiche durchgeführt. Daneben gibt es eine Vielzahl von Begehungen zu speziellen Themen, wie beispielsweise zur Aufbereitung von Medizinprodukten, zur Umsetzung von Umbaumaßnahmen oder zum Umgang mit Lebensmitteln.