Auch in der Organisationsstruktur der Gutenberg-Gesundheitsstudie spiegelt sich der interdisziplinäre Forschungsansatz wider. Der Lenkungsausschuss wird als oberstes Gremium durch den Leitungsausschuss sowie den Studienkoordinator in der Durchführung des Projektes unterstützt. Weitere Gremien sind der Wissenschaftliche Beirat und der Beirat für Ethik, Datenschutz und Datensicherheit.

Die Gutenberg-Gesundheitsstudie wird als interdisziplinärer Forschungsverbund durch die Kardiologie I in Zusammenarbeit mit weiteren zentralen Einrichtungen durchgeführt:

• Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik (IMBEI)
• Klinik und Poliklinik für Psychosomatische Medizin und Psychotherapie
• Augenklinik und Poliklinik
• Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin
• Centrum für Thrombose und Hämostase (CTH)
• Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie 
• I. Medizinische Klinik und Poliklinik

Umbenennung der Studie

Um den interdisziplinären, fächerübergreifenden Charakter der Studie zu unterstreichen, wurde die Studie im Februar 2011 von "Gutenberg-Herz-Studie" in "Gutenberg-Gesundheitsstudie" umbenannt.