Sehr früh entdeckte Tumoren können unter Umständen organerhaltend mit dem Endoskop entfernt werden (endoskopische Resektion). Dazu werden wie bei der Magenspiegelung über einen Schlauch die Instrumente und eine Kamera in den Magen eingeführt. Nur der Tumor wird entfernt, der Magen bleibt erhalten. Das ist ein sehr schonendes Verfahren, aber es kommt nur unter ganz bestimmten Voraussetzungen in Betracht.
Magenkrebs in diesem frühen Stadium wird in Europa sehr selten entdeckt, deshalb kann diese Methode nicht häufig eingesetzt werden. Das liegt daran, dass es hier keine Reihenuntersuchung zur Früherkennung von Magenkrebs gibt. In Deutschland werden routinemäßige Magenspiegelungen zur Früherkennung von Magenkarzinomen von der Leitlinie auch nicht empfohlen, weil der Nutzen in Bezug auf die Gesamtbevölkerung nicht belegt ist.
Wenn eine endoskopische Resektion vorgenommen wird, dann soll der Tumor möglichst im Ganzen entfernt werden. Die Schnittränder des entfernten Präparats sollten frei von Tumorzellen sein. Das ist nach Studienergebnissen bei 98 von 100 endoskopischen Resektionen der Fall. Wenn bei der mikroskopischen Untersuchung des entfernten Tumors doch noch Krebszellen an den Schnitträndern entdeckt werden, ist eine sogenannte endoskopische Nachresektion möglich, also ein erneuter Eingriff über den Schlauch. Wenn auch diese Nachresektion kein gutes Ergebnis bringt, ist eine Operation angezeigt.