Wie im nationalen Aktionsplan für die Versorgung von Menschen mit seltenen Erkrankungen (NAMSE) vorgesehen, ist das ZSE ein sogenanntes Typ A-Zentrum. Als Typ A-Zentren sind in erster Linie Universitätskliniken vorgesehen.
Das Typ A-ZSE soll das Referenzzentrum für die in ihm zusammengefassten seltenen Erkrankungen in Rheinland-Pfalz und, in enger Interaktion mit dem Frankfurter Referenzzentrum, für die Rhein-Main-Region werden.
Mit den nachfolgend genannten internen B-Zentren bestehen derzeit Kooperationen. Nach dem NAMSE Plan handelt es sich hierbei um Zentren, die neben dem ambulanten auch ein stationäres Versorgungsangebot vorhalten.