Mukosale Mikrobiologie und Immunologie (Vieira-Silva Labor)

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Aktuelle Forschung

Unsere aktuelle Forschung konzentriert sich darauf die Funktion von mikrobiellen Gemeinschaften zu untersuchen, insbesondere die menschliche gastrointestinale Mikrobiota, bei Gesundheit und Krankheit. 

Wir erforschen 1) die ökologische Variation und die Widerstandsfähigkeit der menschlichen Darmmikrobiota bei Gesundheit und 2) den Beitrag einer abnormalen Zusammensetzung der Mikrobiota (Dysbiose) zur Pathophysiologie, insbesondere im klinischen Kontext von entzündlichen, kardiometabolischen und neuropsychiatrischen Erkrankungen.

Wir arbeiten in einem quantitativen Rahmen und kombinieren Metagenomik, vergleichende Genomik, Evolutionsökologie und modernste Rechenverfahren, um die Rolle mikrobieller Gemeinschaften für die menschliche Gesundheit zu verstehen. Dazu gehört auch die Vorhersage des Krankheitsverlaufs und der Wirksamkeit von Behandlungen, um die Entwicklung neuer Strategien für die personalisierte Medizin zu unterstützen.

 

 

Mitarbeiter

Publikationen

Valles-Colomer M*, Bacigalupe R*, Vieira-Silva S*, Suzuki S, Darzi Y, Tito RY, Yamada T, Segata N, Raes J*, Falony G*. 2022. Variation and transmission of the human gut microbiota across multiple familial generations. Nat Microbiol, 7:87–96.

Lloréns-Rico V, Vieira-Silva S, Gonçalves PJ, Falony G*, Raes J*. 2021. Benchmarking microbiome transformations favors experimental quantitative approaches to address compositionality and sampling depth biases. Nat Commun, 12

Brial F*, Chilloux J*, Nielsen T*, Vieira-Silva S*, Falony G, Andrikopoulos P, Olanipekun M, Hoyles L, Djouadi F, Neves AL, Rodriguez-Martinez A, Mouawad GI, Pons N, Forslund S, Le-Chatelier E, Le Lay A, Nicholson J, Hansen T, Hyötyläinen T, Clément K, Oresic M, Bork P, Ehrlich SD, Raes J, Pedersen OB, Gauguier D, Dumas ME. 2021. Human and preclinical studies of the host-gut microbiome co-metabolite hippurate as a marker and mediator of metabolic health. Gut, 70:2105–2114

Vieira-Silva S*, Falony G*, Belda E*, Nielsen T, Aron-Wisnewsky J, Chakaroun R, Forslund SK, Assmann K, Valles-Colomer M, [MetaCardis Consortium: 90 authors], Stumvoll M, Vestergaard H, Zucker JD, Bork P, Pedersen O, Bäckhed F, Clément K, Raes J. 2020. Statin therapy is associated with lower prevalence of gut microbiota dysbiosis. Nature, 581: 310–315

Vieira-Silva S*, Sabino J*, Valles-Colomer M*, Falony G*, Kathagen G, Caenepeel C, Cleynen I, Van der Merwe S, Vermeire S* and Raes J*. 2019. Quantitative microbiome profiling disentangles inflammation- and bile duct obstruction-associated microbiota alterations across IBD/PSC diagnoses. Nat Microbiol, 4:1826–1831

Valles-Colomer M*, Falony G*, Darzi Y, Tigchelaar EF, Wang J, Tito RY, Schiweck C, Kurilshikov A, Joossens M, Wijmenga C, Claes S, Van Oudenhove L, Zhernakova A, Vieira-Silva S* and Raes J*. 2019. The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression. Nat Microbiol, 4:623–632

Falony G, Vieira-Silva S & Raes J. 2018. Richness and ecosystem development across faecal snapshots of the gut microbiota. Nat Microbiol 3, 526–528

Vandeputte D*, Kathagen G*, D’hoe K*, Vieira-Silva S*, Valles-Colomer M, Sabino J, Wang J, Tito RY, De Commer L, Darzi Y, Vermeire S, Falony G* and Raes J*. 2017. Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load. Nature, 551:507–511

Vieira-Silva S*, Falony G*, Darzi Y, Lima-Mendez G, Garcia Yunta R, Okuda S, Vandeputte D, Valles-Colomer M, Hildebrand F, Chaffron S & Raes J. (2016) Species-function relationships shape ecological properties of the human gut microbiome. Nat Microbiol 1, 16088

Falony G*, Joossens M*, Vieira-Silva S*, Wang J*, Darzi Y, Faust K, Kurilshikov A, Bonder MJ, Valles-Colomer M, Vandeputte D, Tito RY, Chaffron S, Rymenans L, Verspecht C, De Sutter L, Lima-Mendez G, D’hoe K, Jonckheere K, et al. (2016) Population-level analysis of gut microbiome variation. Science 352, 560–4