Visual Universitätsmedizin Mainz

Plattform 5

Advanced Diagnostics

Die Plattform `Advanced Diagnostics´ dient dazu, neue diagnostische Konzepte am CTH zu etablieren. Hierzu entwickeln wir neue diagnostische Werkzeuge, wobei der Schwerpunkt auf Anwendungen liegt, die Basiswissenschaft, klinische Forschung, Routinediagnostik und Patientenversorgung miteinander verbinden (`to-bedside‘), umgekehrt aber auch eine Möglichkeit bieten den Hintergrund von zunächst klinischen Beobachtungen näher zu beleuchten (`to-bench‘). Die Plattform ist deshalb ein wichtiges Bindeglied zwischen Basiswissenschaft und Patienten-naher Forschung, eingebunden in das CTH als integriertes Zentrum für Klinik und Forschung.

Advanced Diagnostics

 

Besonderes Augenmerk liegt auf der molekulargenetischen Analyse von Genen, die für Thromobose und Hämostase von Bedeutung sind. Kern der Plattform ist die Sequenzierung einer definierten Anzahl von Genen mithilfe des NGS, deren Auswahl in Kooperation mit den Mitgliedern des CTH erfolgte. Dieses sog. Gen-Panel besteht zum einen aus 92 Genen mit bekannter diagnostischer Bedeutung für Thrombose und Hämostase, sowie ca. 300 weiteren Genen, die im weiteren Sinne mit Thrombose und Hämostase in Zusammenhang stehen und für die CTH Mitglieder von wissenschaftlichem Interesse sind. Das NGS Panel ist allerdings nicht feststehend, sondern kann modular zusammengestellt und durch weitere Module ergänzt werden, was eine flexible Anpassung an die Bedürfnisse zukünftiger Kooperationspartner ermöglicht. Für jeden Kooperationspartner soll das für ihn passende Konzept zusammengestellt werden; dabei kann das beschriebene Gen-Panel durch weitere Methoden, wie Sanger Sequenzieren, Pyrosequenzieren, MLPA (Detektion von großen Deletionen und Insertionen), Fragementanalyse mittels Kapillarelektrophorese (für Repeat- oder Hyomopolymer-Regionen) ergänzt oder ersetzt werden. Ziel der Plattform ist also die gemeinsame Entwicklung von zur jeweiligen Studie passenden Konzepten mit den Kooperationspartnern.

 

Um Kooperationsprojekte zu vereinbaren wenden Sie sich bitte an Frau Dr. Rossmann (Tel. 17-7297) oder an Frau Adenäuer (Tel. 17-6904).

Projekte, bei denen die Methode zum Einsatz kommt

  • Dr. Lankeit: Prognostische Bedeutung von Copeptin bei Lungenembolie (Projekt abgeschlossen)
  • Dr. Wenzel: Bedeutung der Hämoxygenase 1 für die endotheliale Dysfunktion und bei Hypertonie (Projekt abgeschlossen)
  • Dr. Jurk: Genetische Ursachen bei Thrombozytendysfunktion und Thrombozythämie          
  • Dr. Falter, Prof. Scharrer: Bedeutung von ADAMTS13 und VWF (von Willebrand Faktor) bei ischämischem Schlaganfall jüngerer Patienten ohne vaskuläre Risikofaktoren
  • Prof. Lämmle, Dr. v. Auer, Dr. Falter: Genetische Ursachen und Modifier der TTP (thrombotisch-thrombozytopenischen Purpura)    
  • Prof. Scharrer, Prof. Schinzel, Prof. Danckwardt, Dr. Rossmann, S. Sollfrank: VWD (von Willebrand Erkrankung): Genotyp-/Phänotyp-Verhältnis       
  • Dr. Sibbing, Prof. Gori, Prof. Danckwardt, Dr. Wenzel (CTH; II. Med. Klinik UM; DZHK München): TROPICAL-ACS (Testing RespOnsiveness To Platelet Inhibition On Chronic AntiplateLet treatment For Acute Coronary Syndromes); Beitrag von Polymorphismen zur vaskulären und Plättchen-Funktion
  • Dr. Muxel, Prof. Gori: Verhütung von In-Stent Thrombosen 
  • Dr. Schmidgen, Prof. Gori, Prof. Ruf, Prof. Steinbrink: Bedeutung von Signalwegen bei kutaner Inflammation        
  • Dr. Kleis-Fischer, Prof. Grabbe: Einfluss der Genetik auf die Wundheilung
  • Diese Platform ist auch Teil des "Plattformlabor CTH" des DZHK (shared expertise SE076) www.dzhk.de

Wissenschaftliche Plattform-Koordinatoren

Rossmann
PD Dr. Heidi Rossmann
Funktionen: Plattform-Koordinatorin und Oberärztin im Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin

06131 17-7297
heidi.rossmann@unimedizin-mainz.de

Univ.-Prof. Dr. med. Danckwardt
Univ.-Prof. Dr. med. Sven Danckwardt
Funktionen: Professur "Experimentelle Hämostaseologie und Laboratoriumsmedizin", Wissenschaftler im Deutschen Zentrum für Herz-Kreislaufforschung (DZHK)

06131 17-6041 oder 17-2632
06131 17-5588
sven.danckwardt@unimedizin-mainz.de

Plattform-Supervisor

Adenäuer
Anke Adenäuer
Funktionen: Doktorandin

06131 17-6904

Referenzen

  • Nourse J, Danckwardt S. A novel rationale for targeting FXI: Insights from the hemostatic microRNA targetome for emerging anticoagulant strategies. Pharmacol Ther. 2021, PMID: 32898547
  • Ogorodnikov A, Danckwardt S. TRENDseq – A highly multiplexed high throughput RNA 3’ end sequencing for mapping alternative polyadenylation. Accepted Book Chapter in Methods in Enzymology (Volume 655) on “mRNA 3’ End Processing and Stability”
  • Falter T, Rossmann H, Menge P, Goetje J, Groenwoldt S, Weinmann A, Sivanathan V, Schulz A, Lemmermann NAW, Danckwardt S, Lackner KJ, Galle PR, Scharrer I, Lämmle B, Sprinzl MF. No Evidence for Classic Thrombotic Microangiopathy in COVID-19. J. Clin. Med. 2021, 10, 671.
  • Marini F, Scherzinger D, Danckwardt S. TREND-DB-a transcriptome-wide atlas of the dynamic landscape of alternative polyadenylation. Nucleic Acids Res. 2021 Jan;49(D1) D243-D253. doi:10.1093/nar/gkaa722. PMID: 32976578; PMCID: PMC7778938.
  • Velásquez Pereira LC, Roose E, Graça NAG, Sinkovits G, Kangro K, Joly BS, Tellier E, Kaplanski G, Falter T, Von Auer C, Rossmann H, Feys HB, Reti M, Prohászka Z, Lämmle B, Voorberg J, Coppo P, Veyradier A, De Meyer SF, Männik A, Vanhoorelbeke K. Immunogenic hotspots in the spacer domain of ADAMTS13 in immune-mediated thrombotic thrombocytopenic purpura. J Thromb Haemost. 2020 Nov . doi:10.1111/jth.15170. PMID: 33171004.
  • Ma J, Klemm J, Gerardo-Ramírez M, Frappart L, Castven D, Becker D, Zoch A, Parent R, Bartosch B, Minnich K, Giovannini M, Danckwardt S, Hartmann N, Morrison H, Herrlich P, Marquardt JU, Hartmann M. Cluster of differentiation 44 promotes osteosarcoma progression in mice lacking the tumor suppressor Merlin. Int J Cancer. 2020 Nov;147(9) 2564-2577. doi:10.1002/ijc.33144. PMID: 32525563.
  • Bergholz LM, Grimminger P, Dikeoulia E, Rossmann H, Weinmann A, Möhler M, Zimmermann T, Weber MM, Galle PR, Kaina B, Zimmermann A. Pilot Study on Malnutrition and DNA Damage in Patients with Newly Diagnosed Gastrointestinal Tumors: Is DNA Damage Reversible by Early Individualized Nutritional Support? J Gastrointestin Liver Dis. 2020 Oct . doi:10.15403/jgld-2589. PMID: 33118542. (Impact Factor: 2,351)
  • Adenaeuer A, Ezigbo ED, Nazir HF, Barco S, Trinchero A, Laubert-Reh D, Strauch K, Wild PS, Lackner KJ, Lämmle B, Rossmann H. c.451dupT in KLKB1 is common in Nigerians, confirming a higher prevalence of severe prekallikrein deficiency in Africans compared to Europeans. J Thromb Haemost. Oct . doi:10.1111/jth.15137. PMID: 33073460.
  • Galetzka D, Müller T, Dittrich M, Endres M, Kartal N, Sinizyn O, Rapp S, Zeller T, Müller C, Hankeln T, Scholz-Kreisel P, Chorzempa H, Mirsch J, Poplawski A, Rossmann H, Spix C, Haaf T, Prawitt D, Marron M, Schmidberger H. Molecular karyotyping and gene expression analysis in childhood cancer patients. J Mol Med (Berl). 2020 Nov;98(11) 1657. doi:10.1007/s00109-020-01986-9. PMID: 32978668. (incl. correction of authors’ names)
  • Roose E, Schelpe AS, Tellier E, Sinkovits G, Joly BS, Dekimpe C, Kaplanski G, Le Besnerais M, Mancini I, Falter T, Von Auer C, Feys HB, Reti M, Rossmann H, Vandenbulcke A, Pareyn I, Voorberg J, Greinacher A, Benhamou Y, Deckmyn H, Fijnheer R, Prohászka Z, Peyvandi F, Lämmle B, Coppo P, De Meyer SF, Veyradier A, Vanhoorelbeke K. Open ADAMTS13, induced by antibodies, is a biomarker for subclinical immune-mediated thrombotic thrombocytopenic purpura. Blood. 2020 Jul;136(3) 353-361. doi:10.1182/blood.2019004221. PMID: 32356859.
  • Barco S, Sollfrank S, Trinchero A, Adenaeuer A, Abolghasemi H, Conti L, Häuser F, Kremer Hovinga JA, Lackner KJ, Loewecke F, Miloni E, Vazifeh Shiran N, Tomao L, Wuillemin WA, Zieger B, Lämmle B*, Rossmann H*#. Severe plasma prekallikrein deficiency: Clinical characteristics, novel KLKB1 mutations, and estimated prevalence. J Thromb Haemost. 2020 Jul;18(7) 1598-1617. doi:10.1111/jth.14805. PMID: 32202057.
  • Häuser F, Gökce S, Werner G, Danckwardt S, Sollfrank S, Neukirch C, Beyer V, Hennermann JB, Lackner KJ, Mengel E, Rossmann H. A non-invasive diagnostic assay for rapid detection and characterization of aberrant mRNA-splicing by nonsense mediated decay inhibition. Mol Genet Metab. 2020 May;130(1) 27-35. doi:10.1016/j.ymgme.2020.03.002. PMID: 32222271.
  • Schaupp L, Muth S, Rogell L, Kofoed-Branzk M, Melchior F, Lienenklaus S, Ganal-Vonarburg SC, Klein M, Guendel F, Hain T, Schütze K, Grundmann U, Schmitt V, Dorsch M, Spanier J, Larsen PK, Schwanz T, Jäckel S, Reinhardt C, Bopp T, Danckwardt S, Mahnke K, Heinz GA, Mashreghi MF, Durek P, Kalinke U, Kretz O, Huber TB, Weiss S, Wilhelm C, Macpherson AJ, Schild H, Diefenbach A, Probst HC. Microbiota-Induced Type I Interferons Instruct a Poised Basal State of Dendritic Cells. Cell. 2020 May;181(5) 1080-1096.e19. doi:10.1016/j.cell.2020.04.022. PMID: 32380006.
  • Ponto KA, Scharrer I, Binder H, Korb C, Rosner AK, Ehlers TO, Rieser N, Grübel NC, Rossmann H, Wild PS, Feltgen N, Pfeiffer N, Mirshahi A. Hypertension and multiple cardiovascular risk factors increase the risk for retinal vein occlusions: results from the Gutenberg Retinal Vein Occlusion Study. J Hypertens. 2019 Jul;37(7) 1372-1383. doi:10.1097/hjh.0000000000002057. PMID: 31145709.
  • Beck O, Muensterer O, Hofmann S, Rossmann H, Poplawski A, Faber J, Gödeke J. Central Venous Access Devices (CVAD) in Pediatric Oncology Patients-A Single-Center Retrospective Study Over More Than 9 Years. Front Pediatr. 2019;7 260. doi:10.3389/fped.2019.00260. PMID: 31294007; PMCID: PMC6603206.
  • Ogorodnikov A, Levin M, Tattikota S, Tokalov S, Hoque M, Scherzinger D, Marini F, Poetsch A, Binder H, Macher-Göppinger S, Probst HC, Tian B, Schaefer M, Lackner KJ, Westermann F, Danckwardt S. Transcriptome 3'end organization by PCF11 links alternative polyadenylation to formation and neuronal differentiation of neuroblastoma. Nat Commun. 2018 Dec;9(1) 5331. doi:10.1038/s41467-018-07580-5. PMID: 30552333; PMCID: PMC6294251.
  • Nourse J, Braun J, Lackner K, Hüttelmaier S, Danckwardt S. Large-scale identification of functional microRNA targeting reveals cooperative regulation of the hemostatic system. J Thromb Haemost. 2018 Nov;16(11) 2233-2245. doi:10.1111/jth.14290. PMID: 30207063.
  • Zimmermann A, Popp RA, Rossmann H, Bucerzan S, Nascu I, Leucuta D, Weber MM, Grigorescu-Sido P. Gene variants of osteoprotegerin, estrogen-, calcitonin- and vitamin D-receptor genes and serum markers of bone metabolism in patients with Gaucher disease type 1. Ther Clin Risk Manag. 2018;14 2069-2080. doi:10.2147/tcrm.s177480. PMID: 30498352; PMCID: PMC6207091.
  • Bergougnoux A, D'Argenio V, Sollfrank S, Verneau F, Telese A, Postiglione I, Lackner KJ, Claustres M, Castaldo G, Rossman H, Salvatore F, Raynal C. Multicenter validation study for the certification of a CFTR gene scanning method using next generation sequencing technology.Clin Chem Lab Med. 2018 Jun;56(7) 1046-1053. doi:10.1515/cclm-2017-0553. PMID: 29427548.
  • Kargapolova Y, Levin M, Lackner K, Danckwardt S. sCLIP-an integrated platform to study RNA-protein interactomes in biomedical research: identification of CSTF2tau in alternative processing of small nuclear RNAs. Nucleic Acids Res. 2017 Jun;45(10) 6074-6086. doi:10.1093/nar/gkx152. PMID: 28334977; PMCID: PMC5449641.
  • Manukyan D, Rossmann H, Schulz A, Zeller T, Pfeiffer N, Binder H, Münzel T, Beutel ME, Müller-Calleja N, Wild PS, Lackner KJ. Distribution of antiphospholipid antibodies in a large population-based German cohort. Clin Chem Lab Med. 2016 Oct;54(10) 1663-1670. doi:10.1515/cclm-2016-0014. PMID: 27028736.
  • Müller-Calleja N, Rossmann H, Müller C, Wild P, Blankenberg S, Pfeiffer N, Binder H, Beutel ME, Manukyan D, Zeller T, Lackner KJ. Antiphospholipid antibodies in a large population-based cohort: genome-wide associations and effects on monocyte gene expression. Thromb Haemost. 2016 Jul;116(1) 115-123. doi:10.1160/th15-12-0947. PMID: 27098658.
  • Ogorodnikov A, Kargapolova Y, Danckwardt S. Processing and transcriptome expansion at the mRNA 3' end in health and disease: finding the right end. Pflugers Arch. 2016 Jun;468(6) 993-1012. doi:10.1007/s00424-016-1828-3. PMID: 27220521; PMCID: PMC4893057.
  • Wenzel P, Rossmann H, Müller C, Kossmann S, Oelze M, Schulz A, Arnold N, Simsek C, Lagrange J, Klemz R, Schönfelder T, Brandt M, Karbach SH, Knorr M, Finger S, Neukirch C, Häuser F, Beutel ME, Kröller-Schön S, Schulz E, Schnabel RB, Lackner K, Wild PS, Zeller T, Daiber A, Blankenberg S, Münzel T. Heme oxygenase-1 suppresses a pro-inflammatory phenotype in monocytes and determines endothelial function and arterial hypertension in mice and humans. Eur Heart J. 2015 Dec;36(48) 3437-3446. doi:10.1093/eurheartj/ehv544. PMID: 26516175.
  • Hellenkamp K, Schwung J, Rossmann H, Kaeberich A, Wachter R, Hasenfuß G, Konstantinides S, Lankeit M. Risk stratification of normotensive pulmonary embolism: prognostic impact of copeptin. Eur Respir J. 2015 Dec;46(6) 1701-1710. doi:10.1183/13993003.00857-2015. PMID: 26493800.
  • Häuser F, Rossmann H, Laubert-Reh D, Wild PS, Zeller T, Müller C, Neuwirth S, Blankenberg S, Lackner KJ. Inflammatory bowel disease (IBD) locus 12: is glutathione peroxidase-1 (GPX1) the relevant gene? Genes Immun. 2015 Dec;16(8) 571-575. doi:10.1038/gene.2015.35. PMID: 26355565.
  • Bickmann JK, Sollfrank S, Schad A, Musholt TJ, Springer E, Miederer M, Bartsch O, Papaspyrou K, Koutsimpelas D, Mann WJ, Weber MM, Lackner KJ, Rossmann H, Fottner C. Phenotypic variability and risk of malignancy in SDHC-linked paragangliomas: lessons from three unrelated cases with an identical germline mutation (p.Arg133*). J Clin Endocrinol Metab. 2014 Mar;99(3) E489-96. doi:10.1210/jc.2013-3486. PMID: 24423348.

TREND-DB: explore interactively the dynamic landscape of transcriptome 3'end diversification (TREND)